BioPython est un outil véritablement indispensable à tout bio-informaticien désireux de créer un programme dans le langage python.
Description (source : site web de BioPython) :
Biopython is a set of freely available tools for biological computation written in Python by an international team of developers.
It is a distributed collaborative effort to develop Python libraries and applications which address the needs of current and future work in bioinformatics. The source code is made available under the Biopython License, which is extremely liberal and compatible with almost every license in the world. We work along with the Open Bioinformatics Foundation, who generously host our website, bug tracker, and mailing lists.
Site web : http://biopython.org/wiki/Main_Page
Documentation : http://biopython.org/wiki/Documentation
Note : tous nos paquets sont fournis uniquement sous l’architecture 64 bits.
Installation
Sous Ubuntu 13.10 et dérivés :
- Installer python3-numpy depuis les dépôts officiels (si vous ne l'avez pas déjà) :
sudo apt-get install python3-numpy (ou installez-le depuis la Logithèque)
- Télécharger le paquet précompilé de BioPython en cliquant sur ce lien.
- Installer le paquet grâce à la commande :
sudo dpkg -i biopython_1.63-1_amd64.deb (ou ouvrez-le dans la Logithèque et cliquez sur Installer).
Sous Slackware 14.1 :
- Installer Numpy pour python 3, si vous ne l'avez pas déjà.
- Télécharger le paquet précompilé de BioPython en cliquant sur ce lien.
- Installer le paquet grâce à la commande :
installpkg biopython-python3-1.63-x86_64-1_SBo.tgz
